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[IT뉴스][스타트업을 위한 회계·세무] 스타트업 엑시트 시 고려해야 할 세금 관련 요건은?

온카뱅크관리자

2025-12-02 15:47:29

<div id="layerTranslateNotice" style="display:none;"></div>  
        <div class="article_view" data-translation-body="true" data-tiara-layer="article_body" data-tiara-action-name="본문이미지확대_클릭"> 
         <section dmcf-sid="42QCH69Um9">
          <p contents-hash="524c79b8a816d2735aea1bdecf3b6b877f0e18151793511ac116d82b6e977afc" dmcf-pid="8fMlZQV7mK" dmcf-ptype="general">새로운 아이디어를 실현하기 위해 정신없이 달리는 스타트업 종사자들은 세무와 회계에 대해 적지 않은 부담을 느낍니다. 대부분 처음 접하는 생소한 영역이기 때문입니다. 그렇다고 외면할 수도 없습니다. 기업의 지속적인 성장과 성공을 위해 반드시 신경 써야 합니다. 이에 IT동아는 최대한 회계법인 파인우드 이사(공인회계사)와 함께 스타트업 종사자가 알아야 할 세무·회계 정보를 소개합니다. 이를 통해 세무와 회계로 고민하는 스타트업 종사자들이 실질적인 도움과 명쾌한 해답을 얻기를 바랍니다.</p>
          <p contents-hash="91fd6fa8ac4362220fbc7f3cf63837d44d6c789d8ff32fa1e7fa9a3ab7c4ef36" dmcf-pid="64RS5xfzEb" dmcf-ptype="general">[IT동아] 스타트업 창업자나 임직원, 초기 투자자들이 비상장 지분을 현금화할 때(EXIT, 지분 매각)는 양도소득세를 내야 한다. 양도소득세는 지분 매각 시점과 거래 구조, 보유 기간 등에 따라 크게 달라진다. 이를 제대로 이해하지 못하면 추후 막대한 세금을 내야 할 수도 있다. 이번 시간에는 비상장주식 양도와 관련해 발생할 수 있는 이슈에 대해 알아보자.</p>
          <figure class="figure_frm origin_fig" contents-hash="39f9f0f23bb633fa34284b42189621e1d3afd5e2574e20d5e14db045b91e4d6f" dmcf-pid="P8ev1M4qmB" dmcf-ptype="figure">
           <p class="link_figure"><img alt="출처=셔터스톡" class="thumb_g_article" data-org-src="https://t1.daumcdn.net/news/202512/02/itdonga/20251202154509553tuvt.jpg" data-org-width="1000" dmcf-mid="3Gl3KALxDi" dmcf-mtype="image" height="auto" src="https://img1.daumcdn.net/thumb/R658x0.q70/?fname=https://t1.daumcdn.net/news/202512/02/itdonga/20251202154509553tuvt.jpg" width="658"></p>
           <figcaption class="txt_caption default_figure">
            출처=셔터스톡
           </figcaption>
          </figure>
          <h3 contents-hash="e572226a782237aed575aa4628acc22622e2869103e1ae7ebeaaebe3ce54aa88" dmcf-pid="Q6dTtR8Bwq" dmcf-ptype="h3">비상장주식 양도소득세 과세 대상은?</h3>
          <p contents-hash="7e8abbf158f28b4d8c3f370a777e4dfe80b69c54071b4f12e15a78ff10766067" dmcf-pid="xPJyFe6bmz" dmcf-ptype="general">비상장법인 주식을 양도하면 대주주든 소액주주든 양도소득세를 내야 한다. 상장주식의 경우 일반적으로 소액주주가 매매하면 과세하지 않지만, 비상장주식은 예외 없이 세금을 부과한다. 양도소득은 ‘양도 가액(실제 매각대금) – 취득 가액(초기 납입금 혹은 스톡옵션 행사 대금 등) – 필요경비’로 계산하고, 추가로 연 250만 원 기본공제를 적용하면 과세표준이 된다. 즉 단 몇 주라도 비상장 지분을 팔았다면 해당 수식에 따라 세금이 부과된다는 점을 염두에 두어야 한다. </p>
          <h3 contents-hash="c41469c39e0b17e47a8bbc484b243d92cbefb3e945578cb61eb6d635a251b7bc" dmcf-pid="yvXxgGSrw7" dmcf-ptype="h3">세율 - 대주주 여부와 중소기업 여부</h3>
          <p contents-hash="b8148a4160811e776bc860b22f0d9c4047a0bbd7ab41fb47a9e2008d6a9ec108" dmcf-pid="WTZMaHvmmu" dmcf-ptype="general">양도소득세 과세표준이 결정되면 해당 과세표준에 적용할 세율에 따라 세액을 결정한다. 양도소득세율은 대표적으로 두 가지 기준, 즉 중소기업 여부, 대주주 여부로 결정한다. </p>
          <p contents-hash="33915ebae5136c3b8b6aa68a9c00b3e2bbd87d43692e58e462ebee968fc4889b" dmcf-pid="Yy5RNXTsmU" dmcf-ptype="general">회사가 중소기업이고 소액주주라면 세율은 10%다. 대주주인 경우 과세표준 3억 원 이하는 20%, 3억 원 초과분에 대해서는 25%가 적용된다. 회사가 중소기업이 아니고 소액주주인 경우 세율은 20%이며, 대주주라면 해당 주식 보유 기간이 1년 미만인 경우 세율은 30%, 1년 이상인 경우 중소기업 대주주와 동일하게 적용한다. 이때 대주주 여부는 지분율과 시가총액을 기준으로 결정한다. </p>
          <p contents-hash="66659bac8b8780a6413f220a227180603eada10693d476a1b7fd02e5f546b002" dmcf-pid="GW1ejZyODp" dmcf-ptype="general">양도소득세율의 기준이 되는 중소기업, 대주주 여부는 미리 확인해 두는 것이 좋다. 스타트업 창업자, 공동창업자 또는 초기 투자자들이 소액주주라고 생각하거나 회사가 중소기업이라고 알고 있다가 양도세 신고 시 높은 세율이 적용되는 경우가 있기 때문이다. </p>
          <h3 contents-hash="ed88d9df353f1839d8bc847fdc9f51b385f95eb8b037e71462e7aa1dd8232297" dmcf-pid="HYtdA5WII0" dmcf-ptype="h3">벤처기업이라면 비과세 특례 가능</h3>
          <p contents-hash="ea15d942c28528bec97f0031e722c4997b2ec55ef815c4b0d82af7acc939b146" dmcf-pid="XZpLD3XSI3" dmcf-ptype="general">조세특례제한법 제14조(창업기업 등에의 출자에 대한 과세특례)에 따르면 벤처기업 등에 출자해 취득한 주식 또는 출자 지분의 양도로 발생하는 소득에 대해 비과세 특례를 적용한다. 예를 들어 벤처기업에 신주 투자 형태로 출자한 주식은 일정 조건이 충족되면 양도 차익에 대해 비과세 혜택을 받을 수 있다. 다만 이 특례를 적용받기 위해서는 다음 조건을 충족해야 한다.</p>
          <figure class="figure_frm origin_fig" contents-hash="838a6afeee76c7db241b782a5b78b40b3d7b1cb8dae2c2605914d98a20231a61" dmcf-pid="Z5Uow0ZvOF" dmcf-ptype="figure">
           <p class="link_figure"><img alt="창업기업 등에의 출자에 대한 과세특례 요건 / 출처= 최대한 회계사" class="thumb_g_article" data-org-src="https://t1.daumcdn.net/news/202512/02/itdonga/20251202154510796kktt.jpg" data-org-width="1000" dmcf-mid="V434JvOcDV" dmcf-mtype="image" height="auto" src="https://img1.daumcdn.net/thumb/R658x0.q70/?fname=https://t1.daumcdn.net/news/202512/02/itdonga/20251202154510796kktt.jpg" width="658"></p>
           <figcaption class="txt_caption default_figure">
            창업기업 등에의 출자에 대한 과세특례 요건 / 출처= 최대한 회계사
           </figcaption>
          </figure>
          <p contents-hash="3992ddd0337b41e4b7fb09273b094a0eb6fdd7bbc450d2d87be20b0e5fae2a74" dmcf-pid="51ugrp5TDt" dmcf-ptype="general">따라서 투자 또는 지분 취득 단계부터 세무 구조를 정확히 설계하고, 매각 전까지 요건 유지 여부를 확인해야 한다. </p>
          <h3 contents-hash="12e95bcbfcc9befd5b3adda85d1049c50e84cc671e3ac2ebb3fb9493702a290d" dmcf-pid="1t7amU1yO1" dmcf-ptype="h3">흔한 실무 쟁점 : 가격 책정, 거래 상대, 신고 시점</h3>
          <p contents-hash="fe9736d62f7504d12f2ea6821616863aa8a0e35f4245ce0f0e488cfcaba273e8" dmcf-pid="tFzNsutWw5" dmcf-ptype="general">비상장주식은 상장주식처럼 시세를 매일 알 수 있는 것이 아니므로 얼마에 팔았는지가 세금에 결정적 영향을 준다. 특히 다음과 같은 쟁점이 자주 발생한다.</p>
          <p contents-hash="e647b33c6949e0078444ad09e100ffdcd176da37eb0ffc68ad742fbc9bbac158" dmcf-pid="F3qjO7FYwZ" dmcf-ptype="general"><strong>특수관계자에게 시가보다 지나치게 낮거나 높은 가격에 매매</strong></p>
          <p contents-hash="148908ded4e86d6e10eafc426498cb29b35446a966700f99208206b9fdcecc6b" dmcf-pid="30BAIz3GEX" dmcf-ptype="general">스타트업에서는 창업자, 기존 주주, 임직원 간 내부 지분 정리 목적으로 투자 라운드 사이에 구주 거래가 이루어지는 경우가 많다. 세무당국이 해당 과정에서의 거래 가격이 시가보다 지나치게 낮거나 높다고 판단하면, 실제 거래 가격이 아닌 시가를 기준으로 세금을 재산정하기도 한다. 이는 양도세뿐 아니라 증여세 리스크로도 연결될 수 있다.</p>
          <p contents-hash="74dcd6e387ce67e58bc23ff29d4ae7cecc7612bdc1b41a461e0bd5a432bc5524" dmcf-pid="0pbcCq0HmH" dmcf-ptype="general"><strong>시가 산정 방법은?</strong> </p>
          <p contents-hash="2bf6db66ba05db73636f2d891a4f80eac7f483e809be017d6799da13278fc859" dmcf-pid="pUKkhBpXDG" dmcf-ptype="general">세법에서 말하는 시가는 단순히 회사 내부적으로 정한 가치나 액면가가 아니며, 최근 투자 유치로 발행한 신주 단가도 아니다. 법령과 판례의 해석을 종합하면, 시가란 불특정 다수 사이에 정당한 거래를 통해 형성될 수 있는 객관적 교환가치로 정의된다. 즉 세법에서는 실제 거래 사례가 존재하는 경우 이를 최우선으로 하고, 거래 사례가 없을 경우 상증세법에서 정한 평가 방법으로 주식 시가를 산정하도록 하고 있다. 상증세법에 따른 평가는 회사의 과거 3개년 손익과 최근 재무상태표상 순자산 가액을 고려해 이뤄진다.</p>
          <p contents-hash="d02b0e9056f0e982c8c9b4a8731cf3011748ab1215bf494e4592a4277de7e360" dmcf-pid="Uu9ElbUZrY" dmcf-ptype="general"><strong>신고 시점 및 절차 누락</strong></p>
          <p contents-hash="08772eff659eb23c52161966e5cbed71ffaf1bd65ff32dcafec7a252b797951d" dmcf-pid="u72DSKu5mW" dmcf-ptype="general">비상장주식 양도 시에는 양도일이 속하는 반기 말일부터 2개월 이내 예정 신고 및 납부가 원칙이다. 그 뒤 연말까지 여러 번 양도했다면 다음 연도 5월 확정 신고로 최종 정산해야 한다. 이 과정을 놓치면 양도 차익이 발생할 경우 가산세가 발생할 수 있다. </p>
          <h3 contents-hash="025454aa43d00bcc91c4d1b43ab66b8c13ffc29ad252774a9b513159d2500957" dmcf-pid="7NwUVEaeIy" dmcf-ptype="h3">실전 사례 : 창업자·임직원·투자자마다 결과가 다르다</h3>
          <p contents-hash="e93a599e29ed25baaf1d886ec8bd979feacbeb1c801e67a0db1967fd11317d79" dmcf-pid="zjrufDNdmT" dmcf-ptype="general">스타트업 창업자는 초기 설립 지분을 보유한 대주주인 경우가 많다. 이들이 일부 지분을 매각하는 경우 양도 차익이 크다면 20~25%의 세율이 적용되고, 지방세까지 포함하면 실 부담은 22~27.5%에 달할 수 있다. 반면 스타트업에 엔젤 투자로 소액 참여한 투자자는 회사가 벤처기업 조건을 지속 유지하고, 스톡옵션이 아니라 신주 투자였다면 상대적으로 유리한 조건으로 양도세를 계산할 수 있다. </p>
          <p contents-hash="024fa1de8fb3b43b4b1d8eef12c08463afe6694418d4f046777014a3026fd0ab" dmcf-pid="qAm74wjJmv" dmcf-ptype="general">특히 벤처기업 주식에 대해 조세 특례를 활용한다면 주식 매각 시 양도 차익이 비과세가 될 가능성도 있다. 이처럼 누가, 어떤 지분을, 어떤 방식으로 취득했고, 언제 팔았는지에 따라 결과는 완전히 달라진다.</p>
          <h3 contents-hash="a50a03f180e01fec6ed33e596f1158c93629661c1b5852cb40298c8d9e55670b" dmcf-pid="Bcsz8rAisS" dmcf-ptype="h3">왜 세법과 특례를 정확히 알아야 하는가?</h3>
          <p contents-hash="d7a9584e2fbb28b62880f6d5e8c14e8ac49a56ed0f7745005ad502cfb00aefdb" dmcf-pid="bkOq6mcnIl" dmcf-ptype="general">스타트업 생태계는 과거보다 성숙해졌고, 구주 매각, 스톡옵션 행사, 제3자 투자, 인수합병(M&amp;A) 등 지분 거래가 빈번하다. 이제는 자본뿐 아니라 세금도 중요한 이슈가 되고 있다. 또한 최근 몇 년간 정부가 벤처기업 생태계 활성화를 위해 조세 특례 제도를 정비했고, 제도 사용 기한이나 조건도 수시로 변한다. 따라서 앞으로 지분 거래를 고려하고 있다면, 세금까지 포함한 실질 회수금 관점에서 고려해야 한다.</p>
          <p contents-hash="7d600b54948d40ac3d3fa873692890fd9c01cd033785770dcf30ecfcc5839df2" dmcf-pid="KEIBPskLmh" dmcf-ptype="general">그 과정에서 ▲벤처기업 여부, 대주주 여부, 기업 규모, 보유 기간 등 조건 ▲신주 투자, 구주 매각 등 거래 방식 ▲시장성 근거(과거 구주 양수도 사례, 상증법상 시가 평가 여부 등)에 기반한 가격 책정 ▲예정 신고, 확정 신고 등 세금 신고 절차 준수 등의 원칙을 명심해야 한다. </p>
          <p contents-hash="c334277f1f41df777a7db23a8048387ed42c5c2b93224a68d9bb3d5a2cf7f22c" dmcf-pid="9DCbQOEoIC" dmcf-ptype="general"><strong>회계사의 한 줄 조언: </strong>지분은 자유롭게 사고팔 수 있지만, 세금은 자유롭지 않다. 지금 갖고 있는 지분이 창업 지분인지, 스톡옵션인지, 엔젤 투자인지, 그리고 매각 시점, 거래 방식, 보유 기간, 과세 특례 적용 여부까지 꼼꼼히 따져야 한다.</p>
          <figure class="figure_frm origin_fig" contents-hash="a47c63e69c10b45aa4663d7143fb21b6db6560669eec51d1f3f00d0cad2d79ab" dmcf-pid="2whKxIDgEI" dmcf-ptype="figure">
           <p class="link_figure"><img class="thumb_g_article" data-org-src="https://t1.daumcdn.net/news/202512/02/itdonga/20251202154512049zhvn.jpg" data-org-width="1000" dmcf-mid="fdLGpix2m2" dmcf-mtype="image" height="auto" src="https://img2.daumcdn.net/thumb/R658x0.q70/?fname=https://t1.daumcdn.net/news/202512/02/itdonga/20251202154512049zhvn.jpg" width="658"></p>
          </figure>
          <p contents-hash="21bec547c74693236a521783d1a72fea6e77ef57c4e7cc88b2e54676b2dd053d" dmcf-pid="Vrl9MCwaEO" dmcf-ptype="general">글 / 최대한 회계법인 파인우드 이사</p>
          <p contents-hash="2641bce651040fcfddd834c56d152abe6b0a4f0f511f98dfd2d07c05580deee5" dmcf-pid="fmS2RhrNDs" dmcf-ptype="general">삼일회계법인 조세본부, 안진회계법인 가치평가팀 등에서 회계 및 세무, 가치평가, M&amp;A 관련 업무를 담당했으며, 지금은 회계법인 파인우드에서 법인, 개인사업자, 프랜차이즈, 스타트업 등 다양한 기업에 회계 및 세무 자문을 제공한다. 또한 실무진 대상 강의와 스타트업 멘토링도 진행 중이다.</p>
          <p contents-hash="d97b82aa6975391b16d812256f24cbe238450a544bd79da726130f8975acc142" dmcf-pid="4svVelmjDm" dmcf-ptype="general">정리 / IT동아 한만혁 기자 (mh@itdonga.com)</p>
          <p contents-hash="a83a48bf4b2e087e959b2c566acc582f5b30c38fcda437911c353b6b06db0264" dmcf-pid="8CW8iTIkmr" dmcf-ptype="general">사용자 중심의 IT 저널 - IT동아 (<span>it.donga.com</span>)</p>
         </section> 
        </div> 
        <p class="" data-translation="true">Copyright © IT동아. 무단전재 및 재배포 금지.</p>

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